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Fechas: octubre 2008 – septiembre 2009 Créditos: Módulo teórico: 48 créditos, módulo de investigación: 12 créditos Modalidad de impartición: VIRTUAL. El máster se desarrolla en su totalidad en el Campus Virtual de la UNIA Director: Dr. Oswaldo Trelles Salazar. Universidad de Málaga. Coordinador: Dr. Juan Falgueras Cano. Universidad de Málaga Colaboraciones: Red Europea de Bioinformática. Red Andaluza de Bioinformática. Secretaría: Ordenación Académica. Sede Tecnológica de Málaga. Tel. 34 95 20208411 email: cintaf@unia.esEsta dirección de correo electrónico está protegida contra los robots de spam, necesita tener Javascript activado para poder verla FUNDAMENTOS DEL MÁSTER Poco antes de finalizar el siglo XX y como una premonición de lo que cabe esperar, fue presentado a la sociedad y en particular a la comunidad científica el Genoma Humano, sin lugar a dudas uno de los hitos históricos que más claramente marcará el borde de una nueva era. Y es correcto decir el inicio, porque las tareas y retos más importantes se refieren a desentrañar el significado de estos datos, tareas en las que la Bioinformática tiene un papel muy importante que desempeñar. La Bioinformática, definida como el uso de técnicas y herramientas computacionales para el análisis de la información biológica, es una nueva disciplina, nacida para cubrir la necesidad de manejar las ingentes cantidades de información provenientes, tanto de la secuenciación de las macromoléculas (ADN, proteínas y glúcidos) como de las técnicas de análisis masivo del comportamiento de genes y proteínas. El auge de la Informática junto con el establecimiento de Internet y de las bases de datos moleculares han posibilitado, en estos últimos años, el estudio de la información genética con el desarrollo de programas que aceleran el análisis de numerosas variables. Así por ejemplo, puede leerse toda la secuencia de moléculas que compone el genoma de un organismo, es decir, el 'manual de instrucciones' que rige la formación del mismo y es posible la observación de su comportamiento dinámico bajo diversas condiciones experimentales. Los estudios que la Bioinformática permite llevar a cabo requieren la colaboración de distintas disciplinas, además de la Biología. Entre éstas se encuentran: la Informática, como complemento imprescindible, proporcionando y desarrollando sistemas, herramientas y algoritmos para el estudio de la información hereditaria con todas sus implicaciones; la Estadística, que es fundamental en el manejo de grandes números y en la elaboración de modelos de muchos parámetros; la Física y la Química, en la elaboración de modelos y en el análisis de procesos al nivel molecular. Viendo la cantidad y variedad de materias implicadas en la Bioinformática es lógico entender la necesidad que tenemos de personal especializado en esta nueva disciplina, la cual no sería la suma de las anteriores materias, sino la integración de todas ellas. Esto es importante, ya que la Bioinformática acelera -de hecho ya lo está haciendo- el trabajo de laboratorio, al permitir analizar una mayor cantidad de información con ayuda del ordenador que lo que se puede conseguir en un experimento de laboratorio, proporcionando pistas que luego se podrán comprobar experimentalmente. Sin embargo, tantas implicaciones carecerían de sentido si no fuese por las perspectivas que presenta la Bioinformática en la sociedad actual. El estudio profundo y exhaustivo de los sistemas vivos no sólo empieza a dar sus frutos en el campo de la Biotecnología, la Farmacología o la interminable lucha contra la contaminación del ambiente; no sólo augura grandes promesas de bienestar social y de capacidad de predicción de acontecimientos biológicos de inestimable interés; pues esos conocimientos, aparte de proporcionar una información más completa de los sistemas vivos, pueden basarse en ellos para extrapolar modelos sobre el funcionamiento de nuestra sociedad humana y para el desarrollo de sistemas computerizados en la optimización y distribución de recursos. El manejo de tanta información escapa al individuo humano, y la coordinación de grupos de individuos ralentiza enormemente la elaboración de la información para un aprovechamiento eficaz. El desarrollo de sistemas computerizados suplirá, sin duda alguna, muchas de nuestras deficiencias en la armonía con la Biosfera. OBJETIVOS El objetivo de este curso es proporcionar una visión funcional de las diferentes áreas en que tiene presencia la Bioinformática, entrenarse en las herramientas de uso cotidiano y suministrar una perspectiva de las líneas de actuación futura en este campo. La Bioinformática aborda el tratamiento y análisis de información en biología y biomedicina mediante el desarrollo y uso de procedimientos, métodos y sistemas basados en las tecnologías de la información. Durante el transcurso de este Master el estudiante se moverá entre “genes” y entre “tuplas”, entre resultados procedentes de un laboratorio bioquímico y aquellos generados en un ordenador, entre profesionales que hicieron sus estudios universitarios en facultades de biología o medicina y otros que los cursaron en Escuelas de Ingeniería. Será nuestro cometido principal ofrecer una formación integradora que sirva realmente como el comienzo de nuevos trabajos interdisciplinares en la sociedad a la que este Máster se dirige. CRONOGRAMA El máster se desarrollará desde octubre de 2008 a septiembre de 2009 Durante este año, los alumnos estudiarán los contenidos propuestos, elaborarán prácticas, realizarán trabajos en grupos, ejercicios de comprobación, etc; durante cada etapa del curso contarán con distintos tutores. El alumno deberá dedicar unas 25 horas para cada crédito. Estas 25 horas se dedicarán al estudio teórico de materiales preparados, resolución de ejercicios propuestos, elaboración de prácticas, elaboración de los trabajos que se vayan indicando, participación en foros, búsquedas, evaluación y, en general, todas las actividades que el estudiante deberá realizar por cada crédito cursado. Durante el segundo curso y de forma individual cada alumno elaborará un Proyecto Fin de Máster o tesina. Para ello, tras la libre elección de un tema actual contará con un director que le guiará, ayudará y asesorará en todo momento. El desarrollo de los distintos módulos se realizará en las fechas que se especifican en el siguiente cronograma. METODOLOGÍA El máster en Bioinformática se desarrollará en el Campus Virtual de la Universidad Internacional de Andalucía. El aprendizaje de cada alumno estará guiado, en todo momento, por un tutor conocedor de la materia y del modelo educativo en que se basa nuestro Campus Virtual. Los alumnos dispondrán, en todo momento, de herramientas de comunicación: foros, charlas, correo electrónico, tablones de anuncios, etc. Además, los alumnos también tendrán la posibilidad de colaborar entre ellos en la elaboración de trabajos, resolución de problemas, realización de prácticas, etc. INFORMACIÓN ACADÉMICA Respecto a los contenidos que se abordarán en el máster, y debido a la previsible demanda desde dos áreas de formación diferentes, se ha considerado oportuno organizar el programa contemplando un primer módulo puente que uniformice la preparación base. La propuesta se organiza en cuatro grandes módulos: * Primer Módulo: Un primer itinerario "puente", dirigido a tres grupos distintos de estudiantes según la formación básica que acrediten. o Módulo I.A está orientado a los alumnos de áreas de biología, y a aquellos que provengan de otras áreas y no tengan formación en informática o Módulo I.B lo está para alumnos de áreas de Informática, y aquellos alumnos de otras áreas que no tengan formación en biología o Módulo I.C: Completa los dos módulos anteriores con los contenidos iniciales de un curso de bioinformática (común para todos). * Segundo Módulo: En él se ofrecen los contenidos específicos del campo de la bioinformática y de la biología computacional, con un programa abierto y flexible que permitirá dar respuesta en poco tiempo a las necesidades variadas que se originan en este campo. * Tercer y Cuarto Módulos: Con un componente teórico en estadística y biotecnología y formación complementaria. PROGRAMACIÓN DOCENTE Módulo teórico Módulo 0. Presentación del Máster. Motivación y presentación. Introducción a la Bioinformática. Módulo 1 Módulo 1.A. Fundamentos de Informática. Arquitectura de computadores. Sistemas operativos. Sistema operativo LINUX (prácticas). Introducción a las redes. Algoritmos y estructuras de datos y lenguajes (PERL). Bases de datos. Laboratorio de programación. Ejercicios bioinformática en PERL. Módulo 1.B. Fundamentos de Biología. Biología celular. Bioquímica. Biología molecular. Genética. Sistemática y evolución (catalogación de organismos). Módulo 1.C. Común. Laboratorio experimental virtual. Ejercicios bioinformática en Perl (II). Servidores de datos. Módulo 2. Bioinformática. Bioinformática I: Bases de datos moleculares. Práctica Bases de datos moleculares. Comparación de secuencias. Alineamiento múltiple y análisis de proteinas. Filogenia molecular. Identificación y modelado genes, Análisis y comparación de genomas. Análisis de variación poblacional (SNPs) Bioinformática II: Estructura de Proteínas. Bioinformática III: Expresión de genes Bioinformática IV: Proteómica Módulo 3. Biología computacional. Biologia computacional con fuerte orientación a la integración de datos moleculares y a la resolución práctica de un problema real con aplicación de las tecnologías aprendidas. ioinformática en la web. Minería de datos. Integración de bases de datos y servicios. Módulo 4. Complementos . Técnicas complementarias, como estadística y biotecnología. Existe la posibilidad de matricularse sólo en alguno o algunos de los módulos, en cuyo caso se obtendrá un Certificado de participación en el módulo (o módulos) correspondiente. PROFESORADO QUE HA PARTICIPADO EN EL DISEÑO Y PREPARACIÓN DEL MÁSTER Dr. Pedro A. de Alarcón, Profesional Services, Integromics, S.L. Dr. José Aldana Montes, Universidad de Málaga. Dr. José María Carazo, Centro Nacional de Biotecnología-CSIC. Dr. Gonzalo Claros, Universidad de Málaga. Ing. Mónica Chagoyen Quiles, Centro Nacional de Biotecnología-CSIC. Dr. Juan Falgueras Cano, Universidad de Málaga. Ing. Jorge García de la Nava Ruiz, Universidad de Málaga. Dr. Salvador Guirado, Universidad de Málaga. Dr. Raúl Herrera Faúndez, Universidad de Talca, Chile. Dr. Ramón Muñoz-Chapuli, Universidad de Málaga. Dr. José Luis Oliver, Universidad de Granada. Dr. Jordi Oliver Oliver, Universitat de les Balears. Dr. Alberto Pascual Montano, Centro Nacional de Biotecnología-CSIC. Dr. Antonio J. Pérez, Universidad de Málaga. Dr. Guillermo Pérez Trabado, Universidad de Málaga. Dra. Pilar Roca Salom, Universitat de les Balears. Dr. Vicente Rodríguez Carro, CEO Integromics, S.L. Dr. Andrés Rodríguez Moreno, Universidad de Málaga. Dr. Julio Rozas, Universitat de Barcelona. Dr. Guillermo Thode Mayoral, Universidad de Málaga. Dr. José Ramón Valverde, Centro Nacional de Biotecnología-CSIC, nodo español de EMBnet. Lic. Javier Ángel Velázquez Muriel, Centro Nacional de Biotecnología-CSIC. Dr. Enrique Viguera Mínguez, Universidad de Málaga. EVALUACIÓN Todo el material está acompañado de guías para ayudar en el proceso de aprendizaje. El mecanismo de evaluación de cada módulo será explicado al inicio del módulo y consistirá en general de pruebas objetivas, ejercicios, y preparación de trabajos que los alumnos deben completar y enviar al tutor para su evaluación. Igualmente, la participación y aportes en foros será material sujeto a evaluación. Se realizarán evaluaciones parciales semanales y cada Tutor informará sus propuestas de evaluación en su asignatura.
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